Храм возведен в самом центре села и идентичен прежней церкви постройки ХIХ века. Именно в старой церкви крестили Василия Шукшина. В советские годы с храма сняли купол и колокол, а здание отдали под сельский клуб. В 1970-е годы, когда был построен новый Дом культуры, церковь полностью снесли.

В 1991 году в Сростках побывал Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, который освятил закладной камень и крест на месте строительства новой церкви – там, где возвышалась прежняя. Тогда же на Шукшинских чтениях были собраны первые пожертвования, а в 2004 году освящен первый камень фундамента нового храма.

Церковь в честь великомученицы Екатерины освящена епископом Барнаульским и Алтайским Максимом в июле 2009 года.